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  1. 広島大学の刊行物
  2. 広島大学総合博物館研究報告
  3. 6号

標本同定のツールとしてのDNAバーコーディング : 植物標本の例 <短報>

https://doi.org/10.15027/37988
https://doi.org/10.15027/37988
9c78ca71-c55d-4e23-af2e-d72432294cc0
名前 / ファイル ライセンス アクション
BullHiroshimaUnivMuseum_6_41.pdf BullHiroshimaUnivMuseum_6_41.pdf (1.9 MB)
Item type デフォルトアイテムタイプ_(フル)(1)
公開日 2023-03-18
タイトル
タイトル 標本同定のツールとしてのDNAバーコーディング : 植物標本の例 <短報>
言語 ja
タイトル
タイトル DNA Barcoding as a Supporting Tool for Identification of Undetermined Herbarium Specimens, with Special Reference for Dried Plant Specimens <Short Report>
言語 en
作成者 坪田, 博美

× 坪田, 博美

ja 坪田, 博美

en Tsubota, Hiromi

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井上, 侑哉

× 井上, 侑哉

ja 井上, 侑哉

en Inoue, Yuya

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中原-坪田, 美保

× 中原-坪田, 美保

ja 中原-坪田, 美保

en Nakahara-Tsubota, Miho

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内田, 慎治

× 内田, 慎治

ja 内田, 慎治

en Uchida, Shinji

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向井, 誠二

× 向井, 誠二

ja 向井, 誠二

en Mukai, Seiji

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アクセス権
アクセス権 open access
アクセス権URI http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
権利情報
権利情報 Copyright (c) 2014 広島大学総合博物館 Hiroshima University Museum
主題
主題Scheme Other
主題 乾燥標本
主題
主題Scheme Other
主題 分子情報
主題
主題Scheme Other
主題 分子系統解析
主題
主題Scheme Other
主題 広島県のフロラ
主題
主題Scheme Other
主題 核ITS 領域
主題
主題Scheme Other
主題 dried specimens
主題
主題Scheme Other
主題 DNA barcording
主題
主題Scheme Other
主題 molecular phylogeny
主題
主題Scheme Other
主題 flora
主題
主題Scheme Other
主題 nuclear ribosomal internal transcribed spacer (nr ITS) region
主題
主題Scheme NDC
主題 460
内容記述
内容記述 生物学的な研究を行う際の基礎資料として標本は必要不可欠であるが,その状態によっては形態による同定が困難な場合がある。近年DNAバーコーディングによる種の同定が行われるようになっている。今回,広島大学植物標本庫HIROに収蔵されている標本のうち,完全標本でないものを対象にDNAバーコーディングを行った。その結果,沖縄県産の標本から移入植物と考えられるRuellia longepetiolata (Oerst.) Hemsl. を確認し,DNAバーコーディングが標本の管理に有効であることが示された。一方で,沖縄産の標本からハイノキ属Symplocosの一種を確認したが,データベースに登録されている配列とは一致しなかった。この標本については種レベルの同定を行うためさらに検討が必要である。このような場合,形態の検討が重要であり,配列データだけに頼った判断には注意が必要である。本研究の結果,DNAバーコーディングが,完全でない標本の同定に有効であること,その際に分子系統解析を併用することでさらに効果があがること,配列情報だけを使った同定にも限界が存在することが明らかになった。
言語 ja
内容記述
内容記述 Herbarium voucher specimens are indispensable for taxonomic research and one of the most important basic materials in biological research generally. However, depending on the condition of the specimen, it may be difficult to identify or effectively exploit the material for study. The DNA barcoding technique is an important research tool for identification based on specimens or samples using standard DNA sequences, and has become much more widely used in recent years. Here, we make a case study for identification of incomplete or otherwise difficult specimens using two imperfect plant specimens deposited in the herbarium HIRO by means of the DNA barcoding technique. DNA barcoding showed that one of the subject specimens from Okinawa Prefecture, southernmost Japan, could be identical to Ruellia longepetiolata (Oerst.) Hemsl. (Acanthaceae). Using a BLAST search, sequences obtained from the other specimen identified only as Symplocos sp. (Symplocaceae), also from Okinawa Prefecture, did not match any sequences deposited in the DNA database, suggesting that further studies would be needed based on traditional taxonomic methodology. The results demonstrated that (1) DNA barcoding is a useful tool to identify specimens in poor condition in the herbarium, (2) phylogenetic analyses are helpful in to determining the identity of specimens, and (3) identification using only DNA barcoding has limitations and is dependent on the extent of the DNA library.
言語 en
出版者
出版者 広島大学総合博物館
言語
言語 jpn
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
資源タイプ departmental bulletin paper
出版タイプ
出版タイプ VoR
出版タイプResource http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
ID登録
ID登録 10.15027/37988
ID登録タイプ JaLC
収録物識別子
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 1884-4243
収録物識別子
収録物識別子タイプ NCID
収録物識別子 AA12459864
開始ページ
開始ページ 41
書誌情報 広島大学総合博物館研究報告
Bulletin of the Hiroshima University Museum

号 6, p. 41-49, 発行日 2014-12-25
旧ID 37988
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Ver.1 2025-03-02 04:00:52.032836
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