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  1. 学術雑誌論文等

Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy

https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2007596
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2007596
e4fb26c9-6554-420a-b88f-453112c80c07
名前 / ファイル ライセンス アクション
JPSJ_75_054802.pdf JPSJ_75_054802.pdf (13.2 MB)
Item type デフォルトアイテムタイプ_(フル)(1)
公開日 2023-03-18
タイトル
タイトル Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy
言語 en
作成者 Sakae, Yoshitake

× Sakae, Yoshitake

en Sakae, Yoshitake

Search repository
Okamoto, Yuko

× Okamoto, Yuko

en Okamoto, Yuko

Search repository
アクセス権
アクセス権 open access
アクセス権URI http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
権利情報
権利情報 Copyright (c) 2006 The Physical Society of Japan
主題
主題Scheme Other
主題 protein folding
主題
主題Scheme Other
主題 force field
主題
主題Scheme Other
主題 torsion energy
主題
主題Scheme Other
主題 simulated annealing
主題
主題Scheme Other
主題 biomolecular simulation
主題
主題Scheme NDC
主題 420
内容記述
内容記述 We propose a new backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems. This torsion-energy term is represented by a double Fourier series in two variables, the backbone dihedral angles φ and ψ. It gives a natural representation of the torsion energy in the Ramachandran space in the sense that any two-dimensional energy surface periodic in both φ and ψ can be expanded by the double Fourier series. We can then easily control secondary-structure-forming tendencies by modifying the torsion-energy surface. For instance, we can increase/decrease the α-helix-forming tendencies by lowering/raising the torsion-energy surface in the α-helix region and likewise increase/decrease the β-sheet-forming tendencies by lowering/raising the surface in the β-sheet region in the Ramachandran space. We applied our approach to AMBER parm94 and AMBER parm96 force fields and demonstrated that our modifications of the torsion-energy terms resulted in the expected changes of secondary-structure-forming tendencies by performing folding simulations of α-helical and β-hairpin peptides.
言語 en
出版者
出版者 the Physical Society of Japan
言語
言語 eng
資源タイプ
資源タイプ識別子 http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
資源タイプ journal article
出版タイプ
出版タイプ AO
出版タイプResource http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce
関連情報
識別子タイプ DOI
関連識別子 10.1143/JPSJ.75.054802
関連情報
関連タイプ isVersionOf
識別子タイプ DOI
関連識別子 http://dx.doi.org/10.1143/JPSJ.75.054802
収録物識別子
収録物識別子タイプ NCID
収録物識別子 AA00704814
収録物識別子
収録物識別子タイプ ISSN
収録物識別子 0031-9015
開始ページ
開始ページ 054802
書誌情報 Journal of the Physical Society of Japan
Journal of the Physical Society of Japan

巻 75, 号 5, p. 054802, 発行日 2006-05
旧ID 17273
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