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アイテム
Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2007596
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2007596e4fb26c9-6554-420a-b88f-453112c80c07
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
JPSJ_75_054802.pdf (13.2 MB)
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| Item type | デフォルトアイテムタイプ_（フル）(1) | |||||||||
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| 公開日 | 2023-03-18 | |||||||||
| タイトル | ||||||||||
| タイトル | Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy | |||||||||
| 言語 | en | |||||||||
| 作成者 |
Sakae, Yoshitake
× Sakae, Yoshitake
× Okamoto, Yuko
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| アクセス権 | ||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | |||||||||
| 権利情報 | ||||||||||
| 権利情報 | Copyright (c) 2006 The Physical Society of Japan | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | protein folding | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | force field | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | torsion energy | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | simulated annealing | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||
| 主題 | biomolecular simulation | |||||||||
| 主題 | ||||||||||
| 主題Scheme | NDC | |||||||||
| 主題 | 420 | |||||||||
| 内容記述 | ||||||||||
| 内容記述 | We propose a new backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems. This torsion-energy term is represented by a double Fourier series in two variables, the backbone dihedral angles φ and ψ. It gives a natural representation of the torsion energy in the Ramachandran space in the sense that any two-dimensional energy surface periodic in both φ and ψ can be expanded by the double Fourier series. We can then easily control secondary-structure-forming tendencies by modifying the torsion-energy surface. For instance, we can increase/decrease the α-helix-forming tendencies by lowering/raising the torsion-energy surface in the α-helix region and likewise increase/decrease the β-sheet-forming tendencies by lowering/raising the surface in the β-sheet region in the Ramachandran space. We applied our approach to AMBER parm94 and AMBER parm96 force fields and demonstrated that our modifications of the torsion-energy terms resulted in the expected changes of secondary-structure-forming tendencies by performing folding simulations of α-helical and β-hairpin peptides. | |||||||||
| 言語 | en | |||||||||
| 出版者 | ||||||||||
| 出版者 | the Physical Society of Japan | |||||||||
| 言語 | ||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||
| 出版タイプ | AO | |||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce | |||||||||
| 関連情報 | ||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||
| 関連識別子 | 10.1143/JPSJ.75.054802 | |||||||||
| 関連情報 | ||||||||||
| 関連タイプ | isVersionOf | |||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||
| 関連識別子 | http://dx.doi.org/10.1143/JPSJ.75.054802 | |||||||||
| 収録物識別子 | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||
| 収録物識別子 | AA00704814 | |||||||||
| 収録物識別子 | ||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||
| 収録物識別子 | 0031-9015 | |||||||||
| 開始ページ | ||||||||||
| 開始ページ | 054802 | |||||||||
| 書誌情報 |
Journal of the Physical Society of Japan Journal of the Physical Society of Japan 巻 75, 号 5, p. 054802, 発行日 2006-05 |
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| 旧ID | 17273 | |||||||||
