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The ONIOM molecular dynamics method for biochemical applications : cytidine deaminase.
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2006598
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2006598fbf34fe7-2ce7-45d3-b5b0-6c15eeceebb8
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
|---|---|---|
ChemPhysLett_437-1-3_138.pdf (285.1 KB)
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| Item type | デフォルトアイテムタイプ_（フル）(1) | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2023-03-18 | |||||||||||
| タイトル | ||||||||||||
| タイトル | The ONIOM molecular dynamics method for biochemical applications : cytidine deaminase. | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 作成者 |
Matsubara, Toshiaki
× Matsubara, Toshiaki
× Dupuis, Michel
× Aida, Misako
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| アクセス権 | ||||||||||||
| アクセス権 | open access | |||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | |||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||
| 権利情報 | Copyright (c) 2007 Elsevier B.V. | |||||||||||
| 主題 | ||||||||||||
| 主題Scheme | NDC | |||||||||||
| 主題 | 460 | |||||||||||
| 内容記述 | ||||||||||||
| 内容記述 | We developed and implemented the ONIOM-molecular dynamics (MD) method for biochemical applications. The implementation allows the characterization of the functions of the real enzymes taking account of their thermal motion. In this method, the direct MD is performed by calculating the ONIOM energy and gradients of the system on the fly. We describe the first application of this ONOM-MD method to cytidine deaminase. The environmental effects on the substrate in the active site are examined. The ONIOM-MD simulations show that the product uridine is strongly perturbed by the thermal motion of the environment and dissociates easily from the active site. | |||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||
| 出版者 | Elsevier Science B.V. | |||||||||||
| 言語 | ||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||
| 出版タイプ | AO | |||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce | |||||||||||
| 関連情報 | ||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||
| 関連識別子 | 10.1016/j.cplett.2007.01.085 | |||||||||||
| 関連情報 | ||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||
| 関連識別子 | http://dx.doi.org/10.1016/j.cplett.2007.01.085 | |||||||||||
| 収録物識別子 | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||
| 収録物識別子 | 0009-2614 | |||||||||||
| 収録物識別子 | ||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | NCID | |||||||||||
| 収録物識別子 | AA00602122 | |||||||||||
| 開始ページ | ||||||||||||
| 開始ページ | 138 | |||||||||||
| 書誌情報 |
Chemical Physics Letters Chemical Physics Letters 巻 437, 号 1-3, p. 138-142, 発行日 2007-03-22 |
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| 旧ID | 20648 | |||||||||||
