| Item type |
デフォルトアイテムタイプ_（フル）(1) |
| 公開日 |
2023-03-18 |
| タイトル |
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タイトル |
Nonneutral evolution of volume fluctuations in lysozymes revealed by normal-mode analysis of compressibility |
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言語 |
en |
| 作成者 |
Mimura, Shigefumi
Yamato, Takahisa
Kamiyama, Tadashi
Gekko, Kunihiko
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| アクセス権 |
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アクセス権 |
open access |
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アクセス権URI |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| 権利情報 |
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権利情報 |
(c) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved. |
| 主題 |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Isothermal compressibility |
| 主題 |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Lysozyme |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Molecular evolution |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Nonneutral pathway |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Normal-mode analysis |
| 主題 |
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主題Scheme |
Other |
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主題 |
Volume fluctuation |
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主題Scheme |
NDC |
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主題 |
460 |
| 内容記述 |
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内容記述 |
The evolution of structural fluctuations of proteins was examined by calculating the isothermal compressibility (beta(T)) values of chicken lysozyme and its six evolutionary mutants at Thr40, Ile55, and Ser91 (a ternary mutant corresponding to bobwhite lysozyme) from their X-ray structures by normal-mode analysis at 300 K. The Or values of the two extant lysozymes from chicken and bobwhite were 1.61 and 1.59 Mbar(-1), respectively, but five other evolutionary mutants showed larger beta(T) values of up to 2.17 Mbar(-1). These results suggest that ancestral lysozymes exhibit larger volume fluctuations than extant ones, and hence that the molecular evolution of lysozymes has followed a nonneutral evolutionary pathway. The evolutionary mutants contained large amount of cavities, although no change was visible in the X-ray structures. There was a linear correlation between beta(T) and total cavity volume, predicting that the cavity volume or atomic packing is an important factor regulating volume fluctuations during the molecular evolution of this protein. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved. |
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言語 |
en |
| 出版者 |
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出版者 |
Elsevier Science BV |
| 言語 |
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言語 |
eng |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
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資源タイプ |
journal article |
| 出版タイプ |
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出版タイプ |
AO |
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出版タイプResource |
http://purl.org/coar/version/c_b1a7d7d4d402bcce |
| 関連情報 |
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識別子タイプ |
DOI |
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関連識別子 |
10.1016/j.bpc.2011.11.005 |
| 関連情報 |
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識別子タイプ |
DOI |
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関連識別子 |
http://dx.doi.org/10.1016/j.bpc.2011.11.005 |
| 収録物識別子 |
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収録物識別子タイプ |
ISSN |
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収録物識別子 |
0301-4622 |
| 収録物識別子 |
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収録物識別子タイプ |
NCID |
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収録物識別子 |
AA00566073 |
| 開始ページ |
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開始ページ |
39 |
| 書誌情報 |
Biophysical Chemistry
Biophysical Chemistry
巻 161,
p. 39-45,
発行日 2012
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| 旧ID |
34798 |
BiophysChem_161_39.pdf (500.3 KB)
