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アイテム
miR-PAIR: microRNA-protein analysis of integrative relationship for the identification of significantly working miRNAs
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/2040680
https://hiroshima.repo.nii.ac.jp/records/20406801273d232-6977-4764-9182-b75d33434c71
| 名前 / ファイル | ライセンス | アクション |
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BBAGS_1869_2_130746.pdf (9 MB)
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data20250519.zip (1.3 MB)
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| Item type | デフォルト(1) | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 公開日 | 2025-06-02 | |||||||||||||||||
| タイトル | ||||||||||||||||||
| タイトル | miR-PAIR: microRNA-protein analysis of integrative relationship for the identification of significantly working miRNAs | |||||||||||||||||
| 言語 | fr | |||||||||||||||||
| 作成者 |
Akai, Mizuki
× Akai, Mizuki
× Maeda, Yuki
× Kawami, Masashi
× Yumoto, Ryoko
× Takano, Mikihisa
× Uchida, Yasuo
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| アクセス権 | ||||||||||||||||||
| アクセス権 | embargoed access | |||||||||||||||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_f1cf | |||||||||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 権利情報 | © <2024>. This manuscript version is made available under the CC-BY-NC-ND 4.0 license https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | |||||||||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 権利情報 | This is not the published version. Please cite only the published version. | |||||||||||||||||
| 権利情報 | ||||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 権利情報 | この論文は出版社版ではありません。引用の際には出版社版をご確認、ご利用ください。 | |||||||||||||||||
| 主題 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||
| 主題 | microRNAs | |||||||||||||||||
| 主題 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||
| 主題 | RNA-sequence | |||||||||||||||||
| 主題 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||
| 主題 | Proteomics | |||||||||||||||||
| 主題 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 主題Scheme | Other | |||||||||||||||||
| 主題 | Bioinformatics | |||||||||||||||||
| 内容記述 | ||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||||||||||||||
| 内容記述 | MicroRNAs (miRNAs), which are small non-coding RNAs, are recognized as important significant endogenous bio-molecules that regulate the post-transcriptional processes of target genes. However, predictive methods for significantly working miRNAs are poorly understood. The present study aimed to establish a novel method, miRNA protein analysis of integrative relationship (miR-PAIR), for the identification of effectively working miRNAs involved in physiological or pathological events. To establish the miR-PAIR, comprehensive expression data of miRNAs and proteins were obtained using small RNA-sequence and quantitative proteomics approach in the alveolar epithelial cell line, A549 treated with bleomycin (BLM) and methotrexate (MTX) as pulmonary toxic drugs. Differentially expressed miRNAs and proteins were integrated using TargetScan, a freely available web tool for predicting the target gene of miRNAs. Next, the enrichment of the integrated miRNA-protein pairs was analyzed, followed by the determination of significantly working miRNAs in BLM- and MTX-induced protein expression changes. The miR-PAIR method identified 22 downregulated and 9 upregulated miRNAs. Among them, miR-493-5p (p = 1.71E-05), an upregulated miRNA, suppressed approximately 70 % of the target proteins, and miR-598-3p (p = 1.1E-03), a downregulated miRNA, canceled 50 % of the target protein expression changes induced by BLM and MTX. Thus, a miR-PAIR could be an effective method to identify significantly working miRNAs associated with biological events such as drug-induced lung injury. | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 内容記述 | ||||||||||||||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||||||||||||||
| 内容記述 | The present study was supported in part by the Grants-in-Aid for Scientific Research from the Japan Society for the Promotion of Science (21K06668, 22K06766, 22K06698, 23K27334). Small RNA-sequence was supported by The Research Foundation for Pharmaceutical Sciences. |
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| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 出版者 | ||||||||||||||||||
| 出版者 | Elsevier | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 日付 | ||||||||||||||||||
| 日付 | 2025-12-18 | |||||||||||||||||
| 日付タイプ | Available | |||||||||||||||||
| 言語 | ||||||||||||||||||
| 言語 | eng | |||||||||||||||||
| 資源タイプ | ||||||||||||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 | |||||||||||||||||
| 資源タイプ | journal article | |||||||||||||||||
| 出版タイプ | ||||||||||||||||||
| 出版タイプ | AM | |||||||||||||||||
| 出版タイプResource | http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa | |||||||||||||||||
| 関連情報 | ||||||||||||||||||
| 関連タイプ | isVersionOf | |||||||||||||||||
| 識別子タイプ | DOI | |||||||||||||||||
| 関連識別子 | http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2024.130746 | |||||||||||||||||
| 助成情報 | ||||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプ | Crossref Funder | |||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプURI | https://doi.org/10.13039/501100001691 | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | 日本学術振興会 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | Japan Society for the Promotion of Science | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 研究課題番号URI | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06668/ | |||||||||||||||||
| 研究課題番号 | 21K06668 | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | 肺胞上皮細胞におけるPEPT2介在性輸送および自然免疫応答に及ぼす薬物の影響 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | Effect of drugs on the PEPT2-dependent transport and the innate immune response in alveolar epithelial cells | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 助成情報 | ||||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプ | Crossref Funder | |||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプURI | https://doi.org/10.13039/501100001691 | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | 日本学術振興会 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | Japan Society for the Promotion of Science | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 研究課題番号URI | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06766/ | |||||||||||||||||
| 研究課題番号 | 22K06766 | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | 抗がん効果と上皮間葉転換の比較を基軸としたがん悪性化機構の解明とその応用展開 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | Mechanistic study on cancer progression based on the comparison between antitumor effects and epithelial-mesenchymal transition by anticancer drugs | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 助成情報 | ||||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプ | Crossref Funder | |||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプURI | https://doi.org/10.13039/501100001691 | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | 日本学術振興会 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | Japan Society for the Promotion of Science | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 研究課題番号URI | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-22K06698/ | |||||||||||||||||
| 研究課題番号 | 22K06698 | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | 肺胞マクロファージの自然免疫応答と肺胞上皮細胞の上皮間葉転換との連関解析 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | Analysis of innate immune response of alveolar macrophages and epithelial-mesenchymal transition of alveolar epithelial cells | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 助成情報 | ||||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプ | Crossref Funder | |||||||||||||||||
| 助成機関識別子タイプURI | https://doi.org/10.13039/501100001691 | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | 日本学術振興会 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 助成機関名 | Japan Society for the Promotion of Science | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 研究課題番号URI | https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-23K27334/ | |||||||||||||||||
| 研究課題番号 | 23K27334 | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | 血液脳関門・クモ膜関門・脳脊髄液関門による脳内薬物動態の時・空間的制御機構の解明 | |||||||||||||||||
| 言語 | ja | |||||||||||||||||
| 研究課題名 | Elucidation of spatio-temporal regulation mechanisms of brain pharmacokinetics by blood-brain, arachnoid and cerebrospinal fluid barriers | |||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 収録物識別子 | ||||||||||||||||||
| 収録物識別子タイプ | ISSN | |||||||||||||||||
| 収録物識別子 | 0304-4165 | |||||||||||||||||
| 書誌情報 |
en : BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS 巻 1869, 号 2, p. 130746, 発行日 2024-12-18 |
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| 備考 | ||||||||||||||||||
| 言語 | en | |||||||||||||||||
| 値 | The full-text file will be made open to the public on [18 Dec 2025］ in accordance with publisher's 'Terms and Conditions for Self-Archiving' | |||||||||||||||||
